Ruch kolejowy na stacji prowadzony jest przez nastawnię dysponującą "Bł", w której funkcjonuje lokalne centrum sterowania.
Historia left|thumb|Wizyta Naczelnika Państwa w Białymstoku w 1921 Budynek dworca powstał podczas budowy linii warszawsko–petersburskiej w 1861 roku. Pierwszy pociąg osobowy, przemierzający całą trasę z Warszawy do Petersburga, przyjechał do Białegostoku we wrześniu 1862 roku. Zwiększająca się pod koniec XIX w. liczba przewozów sprawiła, że dworzec rozbudowano. Podczas I wojny światowej budynek został spalony przez wycofujące się wojska rosyjskie. Po zakończeniu działań wojennych dworzec odbudowano.
Podczas II wojny światowej dworzec został zbombardowany. Nie odzyskał już dawnej świetności mimo powojennej odbudowy i późniejszych remontów.
W tutejszej parowozowni w sierpniu 1977 stacjonowały lokomotywy serii OKl27, Ol49, Ty2, Ty45 i Pt47Stalowe Szlaki nr 2/2018.
W 1989 roku PKP rozpoczęły prace modernizacyjne dworca, które trwały 14 lat. Odnowiony budynek dworca został oficjalnie otwarty 28 listopada 2003. Według rankingu Gazety Wyborczej z 2008 r.