Rezerwat obejmuje Jezioro Długie Augustowskie o powierzchni 163,07 ha, trzy niewielkie jeziora dystroficzne oraz otaczające lasy. Według Zarządzenia Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Białymstoku z dnia 12 maja 2016 r. powierzchnia rezerwatu wynosi 763,30 ha. Akt powołujący z 1980 r. podawał powierzchnię 740,67 ha (granice rezerwatu nie były zmienione, a różnice wynikają z innej metodologii pomiaru i wliczania). Długość granic rezerwatu to 21,95 km.
Położenie rezerwatu według podziału przyrodniczo-leśnego: kraina: Mazursko-Podlaska dzielnica: Suwalsko-Augustowska
Geologia Obszar rezerwatu ma dość jednorodną budowę geologiczną – jest częścią sandrowej Równiny Augustowskiej. Dominują gleby rdzawe. W nieregularnych zagłębieniach w zachodniej i wschodniej części rezerwatu, dolinach rzeczek oraz tarasach jeziora znajdują się gleby bagienne i pobagienne powstałe z utworów organicznych (głównie torfów wysokich).