Zooplankton jeziora charakteryzuje się występowaniem skandynawsko-bałtyckich gatunków skorupiaków. Spośród ryb występuje tu m.in.: głowacz pręgopłetwy (jedyne miejsce występowania w Polsce niżowej), głowacz białopłetwy, reintrodukowana troć jeziorowa, sielawa, sieja, stynka, okoń, szczupak i inne.
Brzegi pozbawione są prawie całkowicie roślinności brzegowej. Roślinność zanurzona tworzy rozległe podwodne łąki, w skład których wchodzą gatunki roślin typowych dla wód czystych, przezroczystych i głębokich (ramienica zwyczajna, ramienica szorstka oraz w niewielkich ilościach ramienica szczeciniasta – gatunek jezior górskich, na niżu spotykana tylko w Hańczy).
Historia i koncepcje ochrony jeziora Hańcza Geneza działań na rzecz ochrony przyrody północnej Suwalszczyzny, ze szczególnym uwzględnieniem jeziora Hańcza, wiąże się z aktywnością naukowców takich jak Aleksander Połujański, Antoni Patla, Olof Falk i Stanisław Pietkiewicz.
W 1957 roku powstała koncepcja utworzenia parku narodowego, ale została odrzucona z powodów ekonomicznych. Mimo to, prace badaczy stały się podstawą ochrony przyrody w regionie, co doprowadziło do utworzenia rezerwatu „Jezioro Hańcza” w 1963 roku.