Średnia roczna temperatura w wieloleciu 1961–2005 dla stacji w pobliskim Muchowcu wynosi 8,1 °C, a średnia roczna suma opadów dla wielolecia 1951–2005 wynosiła 713,8 mm.
Pod względem hydrograficznym Nikiszowiec położony jest w dorzeczu Wisły, a w głównej mierze obszar miejscowości jest odwadniany przez Bolinę. Znajdująca się nieopodal Nikiszowca dolina Boliny stanowi tereny otwarte, w których występuje kilka rzadkich i chronionych gatunków roślin i zwierząt. Został w tamtym rejonie ustanowiony park Bolina, zaś w samym Nikiszowcu znajdują się dwa skwery: Emila i Georga Zillmannów (przy placu Wyzwolenia) oraz Artystów Grupy Janowskiej (przy ulicy Zamkowej).
W Nikiszowcu i w jego najbliższej okolicy nie ma natomiast ustanowionych żadnych powierzchniowych form ochrony przyrody i pomników przyrody. Obszary leśne występują na południowy wschód oraz na północny zachód od zabytkowego osiedla.
Nazwa Niemiecka nazwa osiedla patronackiego Nickischschacht pochodzi od położonego w jego pobliżu szybu kopalnianego „Nickisch” („Nickisch-Schacht”;