Kiedy w 1939 Uniwersytet Wileński został zamknięty Ginko kontynuował studia na tajnych kompletach i równocześnie prowadził ćwiczenia z histologii ze studentami I i II roku medycyny. Wyjechał do Kowna i tam w 1941 na uniwersytecie w Kownie ukończył studia. Podczas okupacji hitlerowskiej wykładał histologię na tajnych kompletach Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie (1940-1942). Wstąpił do oddziałów podziemnej Armii Krajowej, gdzie w latach 1942-1944 był lekarzem. Po wkroczeniu Armii Czerwonej na tereny Litwy, jego oddział AK został podstępnie aresztowany, rozbrojony i Ginko dostał się do niewoli w Kałudze, a potem uwięziony w obozie katorżniczej, przymusowej pracy (ZSRR, 1944-1946). Po uwolnieniu powrócił do Polski, nostryfikował dyplom na Uniwersytecie w Poznaniu i w latach 1946-1950 pracował jako lekarz w Pile i Płońsku. W 1948 Ginko został wcielony do wojska i podjął specjalizację w dziedzinie chirurgii w Specjalistycznym Okręgowym Szpitalu nr 2 w Toruniu.
W marcu 1950 przeniósł się na Śląsk, gdzie rozpoczął pracę w I Klinice Chirurgii Śląskiej Akademii Medycznej u prof. Józefa Gasińskiego. Został jednym z pierwszych doktorantów tej uczelni, która na podstawie dysertacji pt.