Aresztowanie i śmierć thumb|240px|Nagrobek Franciszka Rogaczewskiego thumb|240px|Sztutowo, miejsce egzekucji ks. Franciszka Rogaczewskiego 1 września 1939 r. ksiądz Rogaczewski został aresztowany i osadzony w przejściowym więzieniu dla gdańskich Polaków Victoriaschule, a następnego dnia wysłany w pierwszym transporcie Polaków do niemieckiego obozu koncentracyjnego Stutthof. W obozie był bity i maltretowany. Rozstrzelano go 11 stycznia 1940 r. w Stutthofie w grupie wybitnych przedstawicieli gdańskiej Polonii. Sprecyzowanie daty i miejsca śmierci ks. Rogaczewskiego nastąpiło 20 listopada 1979 roku, kiedy to Okręgowa Komisja Badania Zbrodni Hitlerowskich ogłosiła komunikat z przeprowadzonej ekshumacji grobu odbytej w dniach 10–12 maja 1979 roku. Wraz ze ks. Rogaczewskim zamordowani zostali ks. Bernard Wiecki z Wocław i ks. Władysław Szymański z Sopotu. Komunikat stwierdza, że masowy grób z ich szczątkami odkryto w lesie koło obozu Stutthofu. Szczątki pomordowanych złożono w zbiorowej mogile na Cmentarzu Zasłużonych w Gdańsku ZaspieKomunikat Okręgowej Komisji Badania Zbrodni Hitlerowskich w Dziennik Bałtycki 261/1979 z 20 listopada 1979 roku.
Upamiętnienie Imię Rogaczewskiego nosi ulica w Gdańsku. W czerwcu 2017 został patronem zmodernizowanego tramwaju NGd99 Gdańskich Autobusów i Tramwajów o numerze bocznym 1002.