Po zakończeniu rundy jesiennej Motor zajmował przedostatnie, 17. miejsce w tabeli.
W przerwie zimowej Motor rozegrał mecze sparingowe z Pogonią Szczecin (2:0), Chemikiem Police (0:0), Flotą Świnoujście (1:3), Wybrzeżem Rewalskim Rewal (3:1), Spartakusem Szarowola (1:3), Świtem Nowy Dwór Mazowiecki (2:1), Avią Świdnik (3:0), Mazurem Karczew (3:1), GKP Gorzów Wielkopolski (0:0), Dniapro Mohylew (0:2) i KSZO Ostrowiec Świętokrzyski 1:1. Z klubu odeszli Janusz Iwanicki (do Wisły Płock), Marcin Popławski (do Korony Kielce), Krzysztof Lipecki (do Kolejarza Stróże), Piotr Kamiński (do Resovii), Rafał Wawrzyńczok (do Rozwoju Katowice), Michał Zawadzki (do Lechii Zielona Góra), Jarosław Pacholarz (do Stali Kraśnik), Grzegorz Krystosiak (do Stali Poniatowa) i Paweł Kowalczyk. Przybyli zaś Witalij Melnyczuk oraz Iwan Dykyj (poprz. Spartakus Szarowola), Bartłomiej Niedziela (poprz. Jagiellonia Białystok), Marek Piotrowicz (poprz. Hetman Zamość), Kamil Hempel (poprz. Arka Gdynia) i Alexandru Carabulea (poprz. Nistru Otaci).
W sezonie 2008/2009 Motor zajął spadkowe 15. miejsce, jednak przystąpił do rozgrywek o mistrzostwo II ligi w sezonie następnym, po nieotrzymaniu licencji przez GKS Jastrzębie.