Po wygranych przez Lecha Wałęsę wyborach prezydenckich w 1990 r. został zatrudniony w Kancelarii Prezydenta RP jako podsekretarz stanu i szef gabinetu prezydenta. Cieszył się dużym zaufaniem prezydenta, który w krótkim czasie awansował go kolejno na sekretarza i ministra stanu. Jego nieformalne wpływy w Kancelarii Prezydenta były jedną z przyczyn konfliktu, który doprowadził do zerwania współpracy z Lechem Wałęsą przez część urzędników kancelarii (związanych głównie z Porozumieniem Centrum), m.in. braci Jarosława i Lecha Kaczyńskich.
Podejrzany o przyjęcie w 1993 r. łapówki w wysokości 150 tys. dolarów, w zamian za którą Lech Wałęsa skorzystał z prawa łaski wobec Andrzeja Zielińskiego ps. „Słowik”. W kolejnych latach narastało wokół jego osoby coraz więcej wątpliwości. Przypisywano mu rolę szarej eminencji, mającej duży i szkodliwy wpływ na osobę Lecha Wałęsy oraz w nieformalny sposób wpływającej na służby specjalne i siły zbrojne, wykorzystującej te instytucje dla osobistych rozgrywek politycznych z opozycją. Szczególnie środowisko Porozumienia Centrum (m.in.