W 2000 roku IUPAC rozpoczęła prace nad nowym sposobem opisu substancji chemicznych, który – w przeciwieństwie do nazewnictwa chemicznego – mógłby być stosowany zarówno w publikacjach papierowych, jak i w systemach informatycznych (mógłby być odczytywany maszynowo). Założeniami nowego identyfikatora była możliwość generowania go na podstawie powszechnie stosowanych zasad przedstawiania struktur chemicznych opracowanych przez IUPAC i przy użyciu publicznie dostępnego algorytmu oraz niezależność od jakiejkolwiek bazy danych struktur chemicznych. Innymi słowy, dwustronna konwersja między strukturą chemiczną a identyfikatorem mogłaby być dokonana przez każdego użytkownika. Projekt utworzenia nowego identyfikatora substancji chemicznych oficjalnie rozpoczął się z początkiem 2001, przy współpracy IUPAC, NIST i wielu innych podmiotów. W 2009 został utworzony InChI Trust, brytyjska organizacja non-profit, której zadaniem jest wspieranie i rozwijanie standardu InChI, a której członkami są zarówno przedsiębiorstwa związane z branżą chemiczną, jak i instytucje publiczne czy organizacje chemiczne.