Jan Dawid ostatnie cztery lata życia poświęcił mistyce. Zmiana poglądów nastąpiła u niego po śmierci żony w 1910 r. Napisał dwa dzieła poświęcone przede wszystkim studiom nad Jakobem Böhme. Napisał O intuicji w mistyce, filozofii i sztuce, Kraków (1913) oraz pośmiertnie wydana O rzeczywistości duchowej, Warszawa (1935). Głosił tam m.in., że byt pożąda i dąży do objawienia się w stworzeniu i naturze, jednak objawienie jest możliwe tylko przez przeciwieństwa. Przeciwieństwa nie służą jedynie „objawieniu istoty”, lecz same stanowią też życiodajny bijący puls rzeczywistości. Rzeczywistość trzeba jednak wciąż na nowo „zdobywać, utwierdzać przeciw atakom zmysłów, rozumu i egoizmu” (O intuicji w mistyce, filozofii i sztuce, s. 182).
Marek Nowak napisał rozprawę Od pozytywizmu do mistyki. Ewolucja poglądów Jana Władysława Dawida, o której opowiada następująco „Głównym celem pracy było wyjaśnienie jednego z najtrudniejszych do zinterpretowania faktów z życia warszawskiego psychologa – dlaczego ktoś uważany za pozytywistę pod koniec życia stał się mistykiem?