W czasie okupacji został praktycznie pozbawiony możliwości kierowania Kliniką Chorób Dzieci UJ, ale pomimo absolutnego zakazu władz niemieckich systematycznie odwiedzał chore polskie dzieci na wydzielonym dla nich oddziale w klinice. Po wojnie powrócił na stanowisko kierownika Kliniki Chorób Dzieci, którą kierował do 31 grudnia 1947, kiedy to przeszedł na emeryturęKsawery Lewkowicz na stronie Archiwum ofiar terroru nazistowskiego i komunistycznego w Krakowie 1939 - 1956.
Był żonaty ze Stanisławą Kwielewską (doktorem praw), miał synów: Sykstusa (urodzonego w 1911 r.), Janusza (urodzonego w 1913 r.) i Józefa (urodzonego w 1915 r.).
Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera LXX, pn, gr. 46).
Dorobek naukowy Lewkowicz opublikował w języku polskim, angielskim, niemieckim, francuskim 96 prac naukowych. Pierwsze prace dotyczyły malarii, zwłaszcza profilaktyki choroby. Proponował podawanie chininy całej ludności terenu objętego chorobą. Profesor badał etiologię anginy Plauta-Vincenta. Jako pierwszy wyhodował w czystym stanie beztlenowego prątka wrzecionowatego Bacillus fusiformis z jamy ustnej niemowląt (1906). Zajmował się też etiologią i patogenezą nagminnego zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych.