Jana w Valletcie.
Pożar i odbudowa W krótkim czasie po przybyciu rycerzy na wyspę, w poniedziałek Wielkanocny 1 kwietnia 1532, kościół doznał mocnych uszkodzeń przez ogień, który wybuchł od zapalonej świecy paschalnej. Spaleniu uległ drewniany sufit oraz inne części. Przepadły w ogniu przepiękne gobeliny, przedstawiające życie Marii Magdaleny. Były one darowizną Wielkiego Mistrza Pierre’a d’Aubusson dla Zakonu, jeszcze na Rodos. Niezwłocznie zbudowano kościół na nowo; nowy budynek, w stylu renesansowym, był większy i jeszcze piękniejszy. W rzeczywistości był to pierwszy kościół zbudowany na Malcie przez Zakon. Odbywały się tam wszystkie ceremonie religijne Zakonu. Najważniejsza z nich miała miejsce 8 września 1565. Było to nabożeństwo dziękczynne za zwycięstwo nad Turkami, oblegającymi Maltę. Wtedy to wielki mistrz Jean de la Valette proklamował Birgu Citta Vittoriosa (miasto zwycięskie).