Kaplice Do nawy głównej otwierają się z każdego boku po trzy kaplice, udekorowane freskami i obrazami. W ołtarzu pierwszej kaplicy po prawej stronie znajduje się obraz Cud św. Mikolaja z Bari, zrealizowany w 1710 roku przez Filippa Laurenziego, zaś na lewej ścianie – Koronacja Maryi Giovanniego Ventury Borghesiego z 1680 roku, trzecia kaplica po prawej stronie jest poświęcona kardynałowi Federicowi Lante Della Rovere, którego grobowiec (1774) umieszczony został na lewej ścianie. Autorem obrazu Św. Lukrecja i św. Gertruda oraz dekoracji ścian i sklepienia kaplicy jest Pietro Paolo Ubaldini, obraz ołtarza w prawym transepcie Św. Jan Chrzciciel namalował Baccicia w 1670 roku, fresk Sceny z życia św. Cecylii i św. Mateusza w kaplicy po lewej stronie ołtarza głównego, namalowal Pietro Paolo Ubaldini; jego dziełem jest również obraz ołtarzowy i dwa obrazy boczne (1638–1640), w pierwszej kaplicy po lewej stronie znajduje się kopia Świętego Grobu z Jerozolimy, kaplica rodu Gavotti, druga po lewej stronie, poświęcona Madonnie z Savony, jest dziełem Pietra da Cortona, który ją zaprojektował i rozpoczął w 1668 roku. Prace ukończył w 1674 roku Ciro Ferri. Posągi św. Jana Chrzciciela i św. Józefa wyrzeźbili odpowiednio Antonio Raggi i Ercole Ferrata.