Transfer jądrowy polega na przeniesieniu jądra z całym jego materiałem genetycznym pochodzącego z jednej komórki do innej komórki (oocytu). Jądro używane w tej procedurze może pochodzić z niezróżnicowanej komórki embrionalnej lub dojrzałej, zróżnicowanej komórki (komórki somatycznej) – w tym drugim wypadku technika ta nazywana jest transferem jądrowym komórki somatycznej (SCNT – ). Wykorzystanie zarodkowych komórek macierzystych daje na ogół większe prawdopodobieństwo prawidłowego rozwoju zrekonstruowanego embrionu po transferze jądrowym. Jeśli używa się komórek somatycznych, różne rodzaje komórek mogą istotnie różnić się pod względem szans na powodzenie techniki.
Dojrzałe, zróżnicowane komórki zachowują całość informacji genetycznej pozwalającej potencjalnie na odtworzenie całego organizmu. Informacje te zawarte w DNA nie ulegają utracie podczas rozwoju komórki, zatem nie genetyczne, a epigenetyczne mechanizmy (niezwiązane ze zmianą sekwencji nukleotydów w DNA) utrzymują komórkę w stanie zróżnicowanym. Aby zmienić stan komórki na mniej zróżnicowany, na podobieństwo pluripotencjalnego embrionu, musi zajść reprogramowanie epigenetyczne cofające modyfikacje epigenetyczne wprowadzone podczas rozwoju komórki i jej różnicowania.