Matka Magdalena doprowadziła do przyjęcia przez klasztor zreformowanej przez siebie Reguły św. Benedykta. Położyła w niej szczególny nacisk na życie modlitewne, a także wykształcenie mniszek. Miały się one również zajmować edukacją dziewcząt z rodzin szlacheckich. Odnowiona reguła szybko przyciągnęła do opactwa dużą liczbę nowicjuszek, dzięki czemu w krótkim czasie udało się ufundować nowe klasztory. W 1589 mniszki z Chełmna przejęły od cysterek opactwo w Żarnowcu. W 1591 powstał klasztor w Nieświeżu, ufundowany przez Mikołaja Krzysztofa Radziwiłła. Stał się on zalążkiem wielu klasztorów na ziemiach Wielkiego Księstwa Litewskiego. W 1602 założono klasztor w Bysławku. W 1604 regułę i zwierzchnictwo chełmińskie przyjął klasztor we Lwowie. W kolejnych latach powstały następne fundacje, przez co kongregacja liczyła ponad 20 klasztorów. Z inicjatywy matki Mortęskiej powstało także seminarium duchowne w Poznaniu, kształcące kapelanów dla odnowionych klasztorów.