W 1968 kościół został wyremontowany, pomalowano ściany wewnętrzne. W 1970 stał się świątynią filialną parafii w Piszu. Trzy lata później odbyły się obchody 75-lecia parafii, w których uczestniczył biskup Kościoła ks. Andrzej Wantuła.
W kolejnych latach przeprowadzono remonty kościoła we współpracy z przyjaciółmi parafii z Niemiec.
Na początku XXI wieku kaplica ewangelicka w Rucianem-Nidzie została sprzedana, w związku z czym kościół wejsuński stał się również świątynią tamtejszych ewangelików.
W 2010 przeprowadzony został remont generalny dachu kościoła i wieży, dokonano zmiany dachówki. W tym samym roku odbyła się tutaj uroczystość 480-lecia istnienia parafii ewangelickiej w Piszu, na której gościł biskup Kościoła Jerzy Samiec oraz biskup diecezji mazurskiej Rudolf Bażanowski.
Rok później wyremontowano zegar w wieży kościoła oraz odnowiono organy. W następnych latach dokonywano kolejnych remontów. W 2011 przeprowadzono prace konserwacyjne zegara na wieży, a w 2012 uporządkowane zostało otoczenie kościoła, wyczyszczono również jego fasadę oraz wymieniono drzwi i okna.
W 2012 w kościele miała miejsce uroczystość wprowadzenia w urząd proboszcza parafii w Piszu, ks. Marcina Pysza.