W sezonie 2019/20 wykonał 1450 podań z 81,2% skutecznością, co świadczyło o jego umiejętnościach rozgrywania piłki.
Sezon 2020/21 Sezon 2020/21 przyniósł wyzwania związane z pandemią COVID-19, ale Niakhaté zachował profesjonalizm. W wywiadzie z tego okresu mówił: „Ważne jest, aby pamiętać, że nawet w tej dziwnej sytuacji nadal jesteśmy piłkarzami. Musimy być zawsze gotowi". Przyczynił się do zajęcia przez zespół ósmego miejsca w lidze – najlepszego wyniku Mainz od lat.
Trener Bo Svensson, który przejął zespół w styczniu 2021 roku w trudnej sytuacji, wprowadził drużynę na właściwe tory. Niakhaté chwalił jego podejście: „Był inteligentny w sposobie, w jaki wszedł do klubu".
Sezon 2021/22 – kapitan Przed sezonem 2021/22 został oficjalnie mianowany kapitanem Mainz po odejściu Danny'ego Latzy, stając się najmłodszym kapitanem w Bundeslidze. Objęcie opaski wyniosło jego występy na wyższy poziom. Trener Bo Svensson mówił, że Niakhaté „gra tak, jakby chciał zostać w Mainz na zawsze", odnosząc się do jego pełnego zaangażowania pomimo zainteresowania ze strony większych klubów.