Prace naukowe Wydania (wspólnie z Mirosławem Perzem) Adam z Wągrowca SOCist (†1629). Utwory organowe z intawolatury żmudzkiej (Ms Lt-Vn 105-67). Edycja synoptyczna, Warszawa 1999. Giovanni Battista Cocciola. Dzieła zebrane, Warszawa 2004. Anonim. Completorium a 9 Chori Collegii Sandomiriensis Societatis Jesu, ed. Irena Bieńkowska, Warszawa: Wydawnictwo Naukowe Sub Lupa 2017 (=Fontes Musicae in Polonia, C/III). Sonaty Francesca Marii Cattaneo (1697–1758) oraz finali i duetto z rękopisu tarnowskiego (PL-TA 23), wstęp i opracowanie Irena Bieńkowska, Warszawa: Instytut Muzykologii Uniwersytetu Warszawskiego, Wydawnictwo Naukowe Sub Lupa 2018 (= Musica Revelata, M/1). Sei Concerti a flauto traversiere obligato z rękopisu tarnowskiego (PL-TA 49–54), wstęp i opracowanie Irena Bieńkowska [Sei Concerti a flauto traversiere obligato from the Tarnów manuscript (PL-TA 49-54) edited with introduction by Irena Bieńkowska], Warszawa: Instytut Muzykologii Uniwersytetu Warszawskiego, Wydawnictwo Naukowe Sub Lupa 2019 (= „Musica Revelata”, M/2).
Monografie Muzyka na dworze księcia Hieronima Floriana Radziwiłła, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego, Warszawa 2013, 2015.