Emilia Pardo Bazán i jej mąż José Quiroga y Pérez Deza mieli trójkę dzieci. Swojego pierwszego syna Jaime urodziła w 1876 roku. Trzy lata później na świat przyszła jej córka Blanca, a w 1881 roku druga córka Carmen. Rozstali się po 17 latach małżeństwa, powodem był wywołany skandal przez publikacje artykułów Pardo Bazán na temat współczesnej prozy, czyli książki La Cuestión Palpitante. José Quiroga zmarł w 1912 roku, co było przykrym przeżyciem dla hrabiny. Mówi się również o historii miłosnej, która potwierdzona jest liczną korespondencją z Benito Perez Galdosem oraz niezwykle silną więzią literacką pomiędzy dwojgiem pisarzy.
Pomimo swojego wielkiego talentu długo walczyła, aby uznano ją w gronie innych pisarzy płci męskiej. Liczne krytyki i obelgi seksistowskie rzucane w jej stronę, jak i również dyskryminacja wśród kolegów pisarzy, motywowały ją jeszcze bardziej obrony praw kobiet oraz swoich własnych idei i publikacji. W 1916 roku została mianowana profesorem literatury współczesnej i języków romańskich na Uniwersytecie Centralnym w Madrycie. Emilia Pardo Bazán zmarła 12 maja 1921 roku w Madrycie. Przyczyną była najprawdopodobniej cukrzyca, na którą chorowała hrabina.