W 1838 został wybrany członkiem Leopoldiny.
Został pochowany na cmentarzu w Pradze-Olšansy (Olšanské Hrbitovy) w dzielnicy Žižkov, jego zmumifikowane serce jest nadal zdeponowane w Klinice Chorób Wewnętrznych Uniwersytetu Karola w Pradze. W domu jego matki w Horní Police w 2011 r. umieszczono tablicę pamiątkową.
Oprócz kariery w medycynie, Krombholz interesował się również mykologią. Przeprowadził liczne eksperymenty dotyczące toksyczności grzybów. Jego najważniejsze dzieło to praca pt. Naturgetreue Abbildungen und Beschreibungen der essbaren, schädlichen und verdächtigen Schwämme (1831–1846) – publikacja na temat grzybów, oparta na jego własnych obserwacjach, ciesząca się ogromnym uznaniem dzięki realistycznym tablicom z rycinami przyrodniczymi i opisami grzybów. W dziele tym opisał po raz pierwszy, różnice między grzybami jadalnymi, niejadalnymi i toksycznymi oraz opisał terapie, które mają być stosowane w każdym przypadku zatrucia. Na przykład w piątej części dokumentacji, opublikowanej w 1836 roku, opisał drobiazgowo zatrucia wynikające ze spożycia borowika szatańskiego. Publikacja składa się z dziesięciu części, które zawierają 76 kolorowych tablic narysowanych własnoręcznie przez niego.