Wyniki te miały istotne znaczenie w rozwoju nowych metod leczenia HIV/AIDS u pacjentów, którzy cierpią z powodu tych niebezpiecznych zmian.
W 1990 roku przeniosła się z NCI do Uniwersytetu Kalifornijskiego w San Diego i kontynuowała badania w dziedzinie HIV i AIDS. W 1994 roku została mianowana przewodniczącą nowo utworzonego Center for AIDS Research. W tym samym roku została wybrana na członka Institute of Medicine United States National Academies.
W latach 1990. jej badania koncentrowały się na terapii genowej, z pomocą rybozymu („molekularnych nożyc”) do redukcji poziomu HIV w komórkach macierzystych. Protokół przez nią skonstruowany był drugim, który zdobył finansowanie rządu USA.
W 2002 r. w związku z przejściem na emeryturę została profesorem emerytowanym UCSD. Objęła wówczas stanowisko dyrektora naukowego w biofarmaceutycznej firmie Immusol, którą założyła podczas pracy w UCSD. Uznając potrzebę rozwoju leków na wirusowe zapalenie wątroby typu C (powodowane przez HCV), przebranżowiła Immusol w kierunku terapii HCV i zmieniła jego nazwę na iTherX Pharmaceuticals. W tym samym roku magazyn Discover umieścił Wong-Staal na liście pięćdziesięciu najbardziej wybitnych kobiet-naukowców.