Na nowym miejscu Po wysłaniu prośby do wielkiego mistrza de la Sengle, aby dał im miejsce, w którym mogliby kontynuować życie jako wspólnota, nawet przez określony czas, bracia Augustianie uzyskali dostęp do szpitala Santo Spirito (dziś Archiwum Narodowe) w Rabacie. 28 sierpnia 1555 otrzymali od biskupa Domenico Cubellesa i kapituły katedry w Mdinie kaplicę pod wezwaniem św. Marka Ewangelisty, stojącą na szczycie Saqqajja Hill. Kaplica ta znajdowała się dokładnie w tym samym miejscu, w którym dziś, w kościele św. Marka, znajduje się boczna kaplica poświęcona Duchowi Świętemu. 13 sierpnia 1556, bazując na projekcie Girolamo Cassara, rozpoczęto budowę klasztoru.
Kościół W 1571 Girolamo Cassar rozpoczął budowę kościoła, zastępującego starą kaplicę św. Marka. To dzieło sztuki, podziwiane do dzisiaj, zostało ukończone w 1588. Z biegiem lat poczynione zostały pewne zmiany wewnątrz kościoła, ale oryginalna struktura Cassara jest wciąż zachowana. Bardzo interesującym jest fakt, że kościół ten jest architektonicznie miniaturowym modelem konkatedry św. Jana w Valletcie. Cassar najwyraźniej z sukcesem eksperymentował z konstrukcją budynku, którą później zastosował w Valletcie.