Rewolucja 1917 r. i wojna domowa Po rewolucji lutowej Siergiej Markow objął obowiązki drugiego generała-kwatermistrza Kwatery Głównej oraz naczelnika sztabu Frontu Zachodniego i Południowo-Zachodniego. Był najbliższym współpracownikiem gen. Antona Denikina. Był jednym z oficerów aresztowanych po tzw. sprawie Korniłowa i skierowanych, zgodnie z decyzją szefa sztabu wodza naczelnego gen. Michaiła Aleksiejewa, do twierdzy w Bychowie. Aleksiejew faktycznie uratował ich przed natychmiastowym procesem o zdradę stanu i pozostawał z zatrzymanymi w kontakcieJ. D. Smele, The "Russian"..., s. 34-35.. 19 listopada, już po rewolucji październikowej i przejęciu władzy w Piotrogrodzie przez bolszewików, osadzeni zbiegli z Bychowa. Markow udał się nad Don w przebraniu zwykłego żołnierza, do Nowoczerkaska przybył 5 grudniaP. Kenez, Red Attack..., s. 54-55.. Był jednym z przywódców tworzonego przez gen. Aleksiejewa zbrojnych sił antybolszewickichP. Kenez, Red Attack..., s. 53.. Został mianowany dowódcą 1 pułku oficerskiegoP. Kenez, Red Attack..., s. 98., który sam organizował.