W drugiej połowie XVI wieku rozpoczął się zmierzch świetności miasta. Rabunkowa gospodarka złóż solnych, a także pożar w 1561 doprowadziły do powolnego upadku miasta. Pewna poprawa nastąpiła w okresie administrowania kopalnią przez rodzinę Wielopolskich.
W XVII wieku Bochnia – podobnie jak większość miast polskich – doznała szeregu klęsk. Wielka epidemia morowego powietrza, potop szwedzki, pożogi i zniszczenia urządzeń górniczych.
W XVIII wieku postępował upadek miasta. Dotknęły je dwa pożary – w 1709 i 1751. Podczas wojny północnej, w 1702 miasto i okolice były terenem starć Augusta II Mocnego z Karolem XII, popierającym Stanisława Leszczyńskiego. W 1768 miasto zajęły oddziały konfederacji barskiej, a w 1772 wojska rosyjskie, by w końcu w wyniku I rozbioru trafić pod okupację austriacką. Bochnia znalazła się w Galicji. Nowa administracja zlikwidowała obydwa klasztory, rozebrano resztki obwarowań i ratusz. W 1783 utworzono jednostkę administracji – cyrkuł bocheński, który (po znacznym okrojeniu) stał się w 1867 podstawą do utworzenia powiatu bocheńskiego. mały|left|Rynek w Bochni w nocy na obrazie Ludwika Stasiaka, 1896 r. Przez cały XIX wiek cyrkuł bocheński był terenem licznych działań przeciw zaborcy. W nim zbiegały się nici spisków z lat 30. i 40. XIX w.