Jennie Trout założyła następnie w Toronto Instytut Leczniczy i Elektryczny który specjalizował się w leczeniu kobiet metodą galwanoterapii. W tym samym instytucie prowadziła bezpłatne porady lekarskie dla biednych. Instytut był przedsięwzięciem bardzo udanym, otworzono filie w Brantford i w Hamilton w prowincji Ontario.
Odegrała wielką rolę w utworzeniu w 1883 roku wydziału lekarskiego dla kobiet na uniwersytecie w Kingston w Ontario. Początkowo planowała powołanie wydziału lekarskiego dla kobiet w Toronto i oferowała na ten cel 10 000 dolarów. Jedynym warunkiem było stworzenia „liberalnych” zasad, czyli kobiety miały być w gronie nauczycieli i zarządzających wydziałem. Ponieważ środowisko w Toronto nie zgadzało się na takie warunki, Jennie Trout wycofała swoją ofertę i zaproponowała taką samą sumę 10 000 dolarów uniwersytetowi Queen’s w Kingston. Oferta została przyjęta, wydział lekarski dla kobiet zaczął funkcjonować w 1883 roku, a Jennie Trout została wybrana do rady nadzorczej uczelni.