Podczas kampanii wrześniowej wzięty do niewoli przez Sowietów. Według stanu na kwiecień 1940 był jeńcem obozu w KozielskuУБИТЫ В КАТЫНИ, Москва Общество «Мемориал» – Издательство «Звенья» 2015, s. 375.. Między 7 a 9 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 017/3 poz. 92 nr akt 46 z 2.04.1940. Został zamordowany między 9 a 11 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943, zapis w dzienniku ekshumacji z dnia 28.05.1943 pod numerem 3474. Przy szczątkach Antoniego Kwiatkowskiego kartę przydziału służbowegoAuswaertiges Amt – Amtliches Material Zum Massenmord Von Katyn, Berlin 1943, s. 257., dowód osobisty, paszport, legitymację urzędnika państwowego, dyplom Politechniki Warszawskiej inżyniera geodety. Figuruje na liście AM-257-3474 i liście Komisji Technicznej PCK pod numerem: GARF-126-03474 jako Stanisław Kuszelski. Nazwisko Kwiatkowskiego znajduje się na liście ofiar (pod nr 3474) opublikowanej w Gońcu Krakowskim nr 177, w Nowym Kurierze Warszawskim nr 169 z 1943. Krewni do 1991 poszukiwali informacji przez Biuro Informacji i Badań Polskiego Czerwonego Krzyża w Warszawie.