Obecny kościół W 1635 roku Somaskowie postanowili wznieść nowy obiekt, którego projekt (nieznanego autora) przedłożyli Spinoli, uzyskując jego finansowanie; według planu miała to być trzynawowa bazylika z podwójnymi kolumnami, dzielącymi jej wnętrze, posadowiona na tym samym obrysie co poprzednia świątynia, ale przedłożona o zlikwidowany portyk. W 1646 roku prace budowlane zostały zawieszone. Wznowiono je w 1660 roku, a w roku następnym zostały zasadniczo ukończone. Wystrój wnętrza miał miejsce w czasach późniejszych: 1679 i 1729 roku, zaś dekorację fasady ukończono dopiero w 1911 roku. 28 września 1755 roku kościół został konsekrowany przez arcybiskupa Giuseppe Marię Saporitiego.
Kościół św. Marii Magdaleny w Genui jest najstarszą siedzibą zgromadzenia zakonnego Somasków poza Somascą. 3 lipca 2016 roku na życzenie papieża Franciszka Kongregacja ds. Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów dekretem podpisanym przez kardynała Roberta Saraha podniosła dotychczasowe wspomnienie św. Marii Magdaleny do rangi święta.