Od lat dziewięćdziesiątych zajmuje się opisem gramatycznym współczesnego języka Łemków. W roku 1992 brał udział w I kongresie Języka Rusińskiego w Bardejovske Kupale na Słowacji. W roku 2000 ukazało się pierwsze wydanie „Gramatyki języka łemkowskiego”, którą profesor przygotował wraz z łemkowską regionalistką – Mirosławą Chomiak. Była to pierwsza pełna gramatyka języka Łemków polskichJolanta Lubocha-Kruglik, Małgorzata Borek, Oksana Małysa, „Profesor Henryk Fontański – działalność naukowa”, w: „Świat za tekstem. Księga jubileuszowa dedykowana Panu Profesorowi Henrykowi Fontańskiemu z okazji 70. urodzin”, Katowice. Śląsk, 2017, s. 18..
Henryk Fontański jest także konsultantem łemkowskich publikacji dydaktycznych (w tym podręczników i materiałów metodycznych do nauki języka łemkowskiego w szkole) zatwierdzonych przez MEN. Od roku 2001 jest przewodniczącym Rady Programowej Fundacji Wspierania Mniejszości Łemkowskiej „Rutenika”. Od roku 2007 jest też członkiem Interregionalnej Rady Języka Rusińskiego.