W lutym 2016 Lisi został następcą Ricardo Dabrowskiego w paragwajskim Club Nacional. Tam zanotował przeciętny i krótki pobyt, rezygnując z pracy już po niecałych dwóch miesiącach. We wrześniu 2016 został trenerem kolumbijskiego zespołu CD Once Caldas z ligowej czołówki, zastępując na stanowisku swojego byłego przełożonego Javiera Torrente. Lisi miał być naturalnym następcą i kontynuatorem bielsistowskiej myśli szkoleniowej Torrente, który zrezygnował ze stanowiska wobec oferty z Meksyku. Nie spełnił jednak pokładanych w nim nadziei i przez cały ośmiomiesięczny pobyt w Once Caldas notował wyniki poniżej oczekiwań, a także był krytykowany za mało przekonujące i mało efektowne występy swojego zespołu, niewielką liczbę zdobywanych goli oraz brak poprawnego funkcjonowania drużyny od strony taktycznej. Został zwolniony w kwietniu 2017. Dwa miesiące później powrócił do Club Rubio Ñú, otrzymując zadanie wyciągnięcia drużyny ze strefy spadkowej. Jego zespół odniósł jednak zaledwie 3 zwycięstwa w 11 meczach, co poskutkowało zwolnieniem trenera we wrześniu. W końcówce sezonu Rubio Ñú prowadził Miguel Pavani, który ostatecznie spadł z drużyną do drugiej ligi.