Łączne przychody z dystrybucji filmu portale Box Office Mojo i The Numbers oszacowały na blisko 30 mln dolarów.
Oceny w Polsce Według agregatora recenzji Mediakrytyk Kler został oceniony pozytywnie przez 92% agregowanych polskojęzycznych krytyków, a średnia ocen filmu wyniosła 7,3 na 10 punktów (na podstawie 107 ocen).
Reakcje środowisk katolickich Kler był ostro krytykowany przez środowiska prawicowo-konserwatywne. Gdy Wojciech Smarzowski, odbierając Nagrodę Publiczności podczas Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych, zażartował, że liczył na odebranie jej z rąk Jacka Kurskiego, prezes TVP nazwał film „szmirą” i „tandetną prowokacją”. Ksiądz Tadeusz Isakowicz-Zaleski, który miał możliwość obejrzenia filmu przed premierą, stwierdził, że „Kler to tylko agitka wojującego ateisty, a nie moralny niepokój”. Zarzucił on twórcom m.in. nieobiektywne i tendencyjne nakreślenie obrazu polskiego duchowieństwa oraz profanację wartości religijnych, np. przez parodiowanie Ostatniej Wieczerzy, ośmieszanie sakramentów czy znaku Opatrzności Bożej. Zdaniem duchownego Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego nie powinno finansować filmu. Anna Sobecka, posłanka PiS, wystąpiła z zapytaniem do ministra kultury o powód dofinansowania filmu z budżetu państwa.