Przygotowania Kler, którego roboczy tytuł brzmiał Głęboka taca, stanowił wspólne przedsięwzięcie reżysera Wojciecha Smarzowskiego oraz krakowskiego polonisty Wojciecha Rzehaka, który współtworzył scenariusz do filmu. Prace nad dokumentacją na potrzeby scenariusza do filmu trwały dwa lata. Kler w założeniu miał dotyczyć wszelkich grzechów Kościoła. Wśród przyczyn nakręcenia swojego filmu reżyser Wojciech Smarzowski wymienił wpływ religii i Kościoła na życie codzienne w Polsce, zwrócił uwagę na rolę księdza w społeczeństwie oraz na skandale pedofilskie, które miały miejsce w krajach zachodnich.
Obsada Stały współpracownik Smarzowskiego, Arkadiusz Jakubik, otrzymał od reżysera rolę Kukuły. Jakubik opowiadał w wywiadzie z TVN24: „Już po lekturze scenariusza byłem bardzo poruszony tą historią i nie ukrywam, ucieszyłem się bardzo, kiedy akurat tę rolę dostałem do zagrania”. Dla niego okres zdjęć był jednak tak ciężki, że po zakończeniu prac nad Klerem Jakubik zrobił roczną przerwę od planów filmowych. Janusz Gajos, odtwórca roli arcybiskupa Mordowicza, opisywał swoją postać jako „barwną i kontrowersyjną”. Również on wspominał okres zdjęciowy jako „bardzo żywą pracę”, podczas której od razu przeszedł z członkami ekipy „na »ty«”.