W kampanii wrześniowej wzięty do niewoli radzieckiej. Według stanu na grudzień 1939 był jeńcem obozu w KozielskuУБИТЫ В КАТЫНИ, Москва Общество «Мемориал» – Издательство «Звенья» 2015, s. 424.. Między 15 a 17 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 032/1 poz. 66 nr akt 1172 z 14.04.1940. Został zamordowany między 16 a 19 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943, zapis w dzienniku ekshumacji pod datą 26.05.1943. Przy szczątkach Stanisława Krogulskiego w mundurze oficerskim znaleziono książeczkę PKO, legitymację MSWojsk. i świadectwo szczepień z obozu w Kozielsku. Figuruje na liście AM–3284, a po naniesionych poprawkach pod nr 3281 i liście Komisji Technicznej PCK pod numerem: GARF-120-03284. Nazwisko Krogulskiego znajduje się na liście ofiar (pod nr 3284) opublikowanej w Gońcu Krakowskim nr 169, w Nowym Kurierze Warszawskim nr 164 z 1943.
Publikował w fachowej prasie wojskowej, m.in. w „Przeglądzie Kawaleryjskim” opublikował artykuły pt. Indywidualna obrona przeciwpancerna oraz Związek pancerny przeciw kawalerii.
Życie prywatne Żonaty od sierpnia 1939 z Marią Danutą z Mulińskich (ur. 1913), nie pozostawił potomstwa. Mieszkał w Lublinie przy ulicy Skłodowskiej 16/1.