Tam znajdował się nieprzerwanie do 16 sierpnia 1944, kiedy podczas powstania warszawskiego został zdjęty z krzyża przez Wacława Karłowicza i wyniesiony z płonącej świątyni przez sanitariuszki z batalionu „Wigry” Barbarę Gancarczyk i Teresę Potulicką-Łatyńską. Krucyfiks został przeniesiony do podziemi kościoła św. Jacka. Figura została położona wśród rannych powstańców, gdzie przez pomyłkę ks. Henryk Cybulski namaścił ją świętymi olejami.
Po upadku powstania krucyfiks został przeniesiony do kościoła św. Anny, a w 1945 został umieszczony w kościele pokarmelickim. Do katedry powrócił w uroczystej procesji w 1948, jeszcze przed ukończeniem odbudowy świątyni, gdyż kaplica Baryczków była stosunkowo mało zniszczona. W uroczystości wziął udział kard. August Hlond i trzech biskupów.
We wrześniu 1981 skradziono wota znajdujące się w kaplicy.