Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. Dekretem królewskim z 1807 roku parafia Santa Maria Maddalena została zniesiona i włączona do parafii Santa Fosca, zaś status kościoła został obniżony do rangi oratorium. W 1810 roku również parafia Santa Fosca została zniesiona, a kościół Santa Maria Maddalena został (po raz pierwszy) zamknięty dla kultu, po czym w 1820 roku ponownie otwarty, tym razem jako kościół filialny przy kościele parafialnym Santi Ermagora e Fortunato, zwanym potocznie San Marcuola.
Po ostatnim remoncie kościół jest wykorzystywany jako miejsce okazjonalnych wystaw Biennale.
Architektura Kościół Kościół Santa Maria Maddalena jest jednym z najświetniejszych przykładów architektury neoklasycznej w Wenecji. Został zbudowany jako budowla centralna na idealnie okrągłym planie. Z zewnątrz ma formę Panteonu przykrytego spłaszczoną kopułą wspartą na bębnie. Wejście do kościoła prowadzi przez pronaos, flankowany podwójnymi kolumnami w porządku jońskim, podtrzymującymi architraw i trójkątny tympanon.