Sam ołtarz natomiast został zagrabiony w czasie II wojny światowej i gdy w 1948 roku powrócił do Krakowa, pozbawiony był oryginalnych płaskorzeźb i rzeźb ze zwieńczenia, dlatego postanowiono w obudowę wkomponować kopie autorstwa Brzostowskiego. W takiej formie do dziś znajduje się on w kościele św. Floriana. Dzięki starannemu i dość wiernemu wykonaniu, płaskorzeźby te w literaturze powojennej bywały uznawane za oryginały, zaś błędne odczytanie sygnatury Brzostowskiego doprowadziło do przypisania ich autorstwa Hansowi Suessowi z Kulmbachu.
W latach 1861–1862 Brzostowski sporządził szczegółowe opisy Ołtarza Mariackiego, uwzględniające jego ubytki i zniszczenia, a także proponowane przez niego prace konserwatorskie, które sam chciał przeprowadzić. Ostatecznie w wyniku konkursu (w którym stanął również Brzostowski) w 1867 roku przeprowadzenie renowacji powierzono jednak Kazimierzowi Wakulskiemu. Mimo to Brzostowski nie porzucił swojego zainteresowania rzeźbą średniowieczną. W latach 1870–1871 konserwował dwa tryptyki z kaplicy Świętokrzyskiej w katedrze na Wawelu: Św. Trójcy oraz Matki Boskiej Bolesnej, a w latach 1883-1884 tryptyk zw. ołtarzem Jana Olbrachta. thumb|Józef Brzostowski, Kaseta na rękopis Pana Tadeusza, 1873 Brzostowski wykonywał również rzeźby, a także meble czy elementy wyposażenia kościołów. Do domowej kaplicy ks.