Kościół był świątynią parafialną dla mieszkańców grodu poznańskiego i podgrodzi. Teren parafii zmniejszał się w miarę upływu lat i powstawania kolejnych kościołów parafialnych (Śródka, Piotrowo, Komandoria i lewy brzeg Warty). Około połowy XV wieku (krótko przed 1455Józef Nowacki, Archidiecezja poznańska (Szkic historyczny), w: Poznańskie Studia Teologiczne, Księgarnia Św. Wojciecha, Poznań, 1972, s. 23) świątynia spaliła się i parafię przeniesiono na stojący w pobliżu kościół św. Barbary (Chwaliszewo), obecnie także nieistniejący. 20 maja 1463 fundator, dziekan Adam z Dąbrowy, podpisał umowę z budowniczym Jakubem Gyely na odbudowę kościoła, a właściwie jego budowę od fundamentów. Biskup Andrzej Bniński erygował tu kolegiatę wraz z kapitułą (dekret z 30 czerwca 1477). Przywilej erekcyjny wydał jednak dopiero biskup Uriel Górka 3 lipca 1484Piotr Franciszek Neumann, O kościele i kapitule św. Mikołaja w Poznaniu, na Zagórzu u schyłku XVIII wieku, w: Ecclesia. Studia z dziejów Wielkopolski, t.4, 2009. Czynsz dla kościoła płaciła m.in. dość odległa wieś Jeżyce.