W 1933 założona została pierwsza zielonoświątkowa denominacja w Beninie – Kościół Cherubów i Serafinów. W 1938 powstały tam Zbory Boże, które stały się największą denominacją protestancką w kraju, z liczbą zwolenników szacowaną przez Kościół na 362 tysiące. W późniejszych latach pojawiały się kolejne misje zielonoświątkowców. W 1950 roku pracę rozpoczął Kościół Apostolski z Nigerii, 1965 – Kościół Zielonoświątkowy z Ghany, a około 1970 – Kościół Poczwórnej Ewangelii. W 1980 misjonarze z USA zakładają Kościół Bożych Proroctw, a w 1985 powstaje Zjednoczony Kościół Zielonoświątkowy.
W 1946 misjonarze Serving In Mission (SIM) zakładają Ewangeliczny Kościół Zachodniej Afryki. Około 1970 roku do Beninu przybywają adwentyści dnia siódmego, a Południowa Konwencja Baptystów z USA zakłada Kościół Baptystyczny.
W dniach 5–9 grudnia 2012 roku misjonarz Reinhard Bonnke przeprowadził krucjatę ewangelizacyjną w mieście Cotonou, w której brało udział setki tysięcy ludzi.