Przeprowadzono konserwację kamiennych gotyckich portali w kruchcie zachodniej, a także poddano jej większość manierystycznych ołtarzy katedralnych wraz z hieratycznym gotyckim poliptykiem Maryjnym, większą część stalli kanonickich, barokowe i neogotyckie konfesjonały, srebrne utensylia, wolno stojące rzeźby i wiele obrazów. Wyremontowano organy główne i chórowe, zakonserwowano emporę organową wraz z malowidłami Jerzego Pipera. Inne prace konserwatorskie wykonane w katedrze oraz w nowym pałacu biskupim to konserwacja XIX-wiecznego polichromowanego wnętrza kaplicy biskupiej. Dodać do tego należy rewitalizację cmentarza kanoników z początków XX w. z górującą nad nim kamienną pseudogotycką Pasją.
W 2004 roku z inicjatywy ks. Tadeusza Graniczki została utworzona w Narusie kaplica pod wezwaniem św. Ojca Pio. Arcybiskup warmiński Edmund Piszcz wydał dekret zezwalający na przechowywanie w kaplicy najświętszego sakramentu. Od tamtej chwili w każdą niedzielę, święta i w pierwszy piątek miesiąca odprawiana była w kaplicy msza św. przez księdza Graniczkę, opiekuna kaplicy i wielkiego przyjaciela mieszkańców osady. 14 października 2007 kaplica w Narusie otrzymała, znów dzięki staraniom ks. Graniczki przy wsparciu mieszkańców Narusy, od ojców kapucynów z San Giovanni Rotondo relikwiarz z relikwiami św. Ojca Pio.