W grudniu 2010 podczas debaty parlamentarnej nad budżetem państwa na następny rok, będąc posłem opozycji, wygłosił w Radzie Narodowej przemówienie trwające blisko 13 godzin, bijąc tym samym kilkunastoletni krajowy rekord w długości takiego wystąpienia.
W wyborach w 2017 Zieloni nie przekroczyli progu wyborczego. W październiku tegoż roku Werner Kogler został nowym rzecznikiem federalnym partii. W 2019 jako lider listy wyborczej ugrupowania uzyskał mandat posła do Parlamentu Europejskiego IX kadencji. Zrezygnował z jego objęcia przed rozpoczęciem kadencji z uwagi na rozpoczętą kampanię do austriackiej Rady Narodowej. W wyniku wyborów federalnych z września tegoż roku jego ugrupowanie powróciło do niższej izby austriackiego parlamentu, a Werner Kogler ponownie został wybrany na deputowanego. Mandat poselski utrzymał także w 2024.
Kierowani przez niego Zieloni zawarli porozumienie koalicyjne z Austriacką Partią Ludową. W konsekwencji 7 stycznia 2020 został zaprzysiężony drugi rząd Sebastiana Kurza. Werner Kogler objął w nim stanowisko wicekanclerza;