Od 1945 W marcu 1945 roku, dzięki staraniom o. Józefa Sochackiego, redemptoryści powrócili do klasztoru. Ojcowie wraz z chórem i orkiestrą parafii św. św. Janów zorganizowali w Toruniu pierwszą po wojnie procesję Bożego Ciała, która odbyła się 3 czerwca tegoż roku.
W 1946 roku redemptoryści stracili oni pod naciskiem władz komunistycznych część klasztoru, która został zaadaptowany na Technikum Elektryczne. Mimo to, w 1947 roku otworzyli oni ponownie juwenat, który w 1952 roku został przez władze państwowe zdelegalizowany. Reaktywowano go w 1958 roku. W październiku 1961 roku juwenat ponownie zdelegalizowano, a władze komunistyczne zajęły całą środkową część klasztoru. Na miejscu juwenatu ulokowano Technikum Samochodowe. Podczas odbierania klasztorowi części budynku wybuchły zamieszki (tzw. Wydarzenia bielańskie).
W 1950 roku powołano przy klasztorze parafię św. Józefa. W latach 50. rozpoczęto budowę kościoła. Jego konsekracja miała miejsce 14 czerwca 1964 roku.
W 1997 roku władze państwowe oddały redemptorystom część klasztoru, w której mieściło się seminarium duchowne. W budynkach klasztornych zorganizowano studium telewizyjne, Dom Pielgrzyma oraz inne obiekty niezbędne do działalności Radia Maryja i Wyższej Szkoły Kultury Społecznej i Medialnej.