Sam Hamer w autobiografii tłumaczy braki w dokumentacji tym, że opisane przypadki to leczeni przez niego nieodpłatnie bezdomni mieszkańcy Włoch. Sprawa została skierowana przez Hamera do sądu. Według innych źródeł prawdopodobną przyczyną niedopuszczenia do przeprowadzenia rozprawy habilitacyjnej były nie błędy w samej pracy pisemnej, a bardzo zły stan psychiczny Hamera, natomiast jego zwolennicy odrzucenie pracy tłumaczą spiskiem bliżej nieokreślonych „elit”. W latach 1982–1992 Hamer próbował dowieść słuszności swoich odkryć opisanych pracą habilitacyjną na uniwersytetach w Szwajcarii, Francji i we Włoszech, jednak w każdym przypadku wyniki badań zaprzeczały hipotezom. Hamer dowodził skuteczności swoich terapii na podstawie wywiadów z pacjentami, którzy w swojej subiektywnej ocenie czuli się lepiej. Jednak w dłuższej perspektywie nie zaobserwowano poprawy i pacjenci umierali.
W 1986 roku wyrokiem sądu lekarskiego zostało mu cofnięte prawo wykonywania zawodu lekarza, utrata tytułu lekarza została potwierdzona przynajmniej dwukrotnie wyrokiem sądu, w tym w 2003 roku. Równocześnie w procesach tych nie wniesiono o wymierzenie kary ze względu na stwierdzoną u Hamera chorobę psychiczną.