W 1952 r. uzyskał w Akademii Medycznej w Poznaniu stopień doktora nauk medycznych. W 1954 objął kierownictwo Kliniki Zdrowego Człowieka Instytutu Naukowego Kultury Fizycznej. Klinikę prowadził do końca 1958 r. W 1956 roku, po złożeniu egzaminów i obronie pracy kandydackiej Balistokardiografia - jej istota, zastosowanie kliniczne oraz zastosowanie do prób czynnościowych narządu krążenia, uzyskał stopień kandydata nauk medycznych. W 1957 r. na mocy uchwały Centralnej Komisji Kwalifikacyjnej dla pracowników nauki otrzymał tytuł naukowy docenta i nominację na samodzielnego pracownika nauki w Akademii Medycznej w Warszawie.
W 1958 r. płk doc. dr med. Stanisław Bober został ponownie powołany do służby wojskowej na stanowisko Naczelnego Internisty Wojska Polskiego (do 1965) i kierownika naukowego oddziałów wewnętrznych 2 Centralnego Szpitala Klinicznego WAM. Kierownikiem pozostał do 1964 roku, kiedy to objął katedrę i I Klinikę Chorób Wewnętrznych Instytutu Kształcenia Podyplomowego WAM. Równocześnie został Przewodniczącym Komitetu Redakcyjnego czasopisma Lekarz Wojskowy. W latach 1959–1964 był członkiem Rady Naukowej WIML.
W 1960 otrzymał nominację na profesora nadzwyczajnego.
W 1965 został Naczelnym Specjalistą WP w dziedzinie medycyny ogólnej. W 1968 został mianowany na profesora zwyczajnego.