Islam thumb|250px|Meczet w Isfara Islam został sprowadzony do regionu w VII wieku przez Arabów i od tamtej pory stał się dominującą religią w Azji Środkowej. Większość muzułmanów Tadżykistanu należy do sunnickiego odłamu islamu. Istnieje także mniejsza grupa szyitów (ok. 4%). W czasach Związku Radzieckiego wysiłki na rzecz sekularyzacji społeczeństwa były w dużej mierze nieskuteczne, a rządy postsowieckie odnotowały znaczny wzrost praktyki religijnej. Większość szyitów, głównie ismaelici mieszkają w okręgu autonomicznym Górski Badachszan.
Chrześcijaństwo Na przełomie XX i XXI wieku populacja chrześcijan, w zdecydowanej większości prawosławnych, zmniejszyła się znacząco wskutek emigracji sprowokowanej wojną domową i jej następstwami. Chrześcijanie w Tadżykistanie to przeważnie prawosławni należący do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego (50–80 tys. wiernych). Inne mniejsze grupy to protestanci (blisko 10 tys.), katolicy (ok. 1 tys.) i Świadkowie Jehowy (ok. 0,5 tys.).
Inne religie W raporcie z 2017 roku odnotowano niewielkie społeczności żydowskie, bahaistów, hinduizmu i wpływy zoroastryzmu.