Ostatnim właścicielem Mitrun, których powierzchnia w wyniku litewskiej reformy rolnej stopniała do 80 ha, był ich syn Wacław, który został wywieziony w głąb ZSRR w 1941 roku.
Po III rozbiorze Polski w 1795 roku Mitruny, wcześniej wchodzące w skład powiatu upickiego województwa trockiego Rzeczypospolitej znalazły się na terenie powiatu poniewieskiego (ujezdu) guberni kowieńskiej Imperium Rosyjskiego. W drugiej połowie XIX wieku należały do gminy Krakinów. Od 1920 roku Mitruny należą do Litwy, która w okresie 1940–1990, jako Litewska Socjalistyczna Republika Radziecka, wchodziła w skład ZSRR.
W 2001 roku Mitruny liczyły 187 mieszkańców, w 2011 – 150.
Mitruny w „Potopie” Henryk Sienkiewicz wspomina Mitruny w „Potopie” 17 razy, w tej okolicy rozpoczyna się akcja powieści: ...Za panowania Jana Kazimierza patriarchą wszystkich Billewiczów był Herakliusz Billewicz, pułkownik lekkiego znaku, podkomorzy upicki. Ten nie mieszkał w gnieździe rodzinnym, które dzierżył pod owe czasy Tomasz, miecznik rosieński;